Образование получил в церковно-приходской школе по месту своего рождения, затем в Школе Эчмиадзинского наследия, обучаясь у Н. Ташчяна

1872 — окончил Школу Эчмиадзинского наследия

1878 – Учился в Петербургской консерватории для совершенствования профессии (проф. Н. Римский-Корсаков)

1888 — окончил Петербургскую консерваторию с дипломом внештатного искусствоведа

Под руководством музыковеда и композитора Н. Ташчяна, в течение 2 лет занимался армянской нотной грамотой, участвовал в записи духовных песен и издании сборников, имеющих большую научную и художественную ценность.

1874 – Геворгянская семинария (преподаватель)

С 1874 – Геворгянская семинария (преподаватель вокала и теории армянской церковной музыки)

1877-1891 — жил в Санкт-Петербурге

1888 — Армянская церковь Св. Екатерины (глава литургического чтения)

1891 — Нерсисяновское училище в Тифлисе (учитель музыки и руководитель хора)

С 1891-1902 — жил в Тифлисе и преподавал в Нерсисяновском училище, где создал мужской хор

1893-1894 — Тифлисское отделение школы Российского Императорского музыкального общества (преподаватель и ректор)

Среди его учеников в школе Нерсисяна и позже были: Комитас, Т. Налбандян, А. Шахмурадян, Ш. Талян, М. Агаян, А. Тер-Оганесян, А. Маилян, А. Манукян и другие.

1892 — «Патараг» для хора а карелла. Позднее высоко оценена композиторами Ф. Листом, К. Сен-Сансом и другими

1895 – По предложению архиепископа Геворга Суренянца, по патриархальному Кондаку Католикоса Всех Армян Хримяна Айрика, «Патараг» М. Экмаляна была официально принята Армянской Церковью

Обработаны десятки, народных, ашугских песен, шараканов, среди которых:

«Тер, кетсо ду жайс» (Господи, позволь мне увидеть тебя)

«Воч Пох Заркинк, вох ардзаганк» (Нет звука, нет ответа)

«Kapuyt Erknqum astgher en paylum» (Звезды сияют в голубом небе)

«Андзревн экав» (Дождь)

«Луснак Гишер» (Лунная ночь)

«Жан Гюлюм» (Эй, Гюлюм)

«Хов арек, Сарер жан» (Горный Бриз)

«Ахчик ду сирун» (Красивая девушка)

«Вард Кошикс» (Розовые туфли)

«Azniv Ynker» (Честный друг)

«Кеце Зейтун» (Да здравствует Зейтун)

«Дзайн м’хнчек» (Раздался голос)

«Норараш» (Внезапное Чудо)

«Ашхарх аменайн» («Весь мир») и другие

Кантата «Странствования Розы»

Фортепианный ноктюрн

Симфоническая увертюра

Хоры:

«Ов Айоц Ашхар» (О мир армянский)

«Тагумн Каджордуйн» (Гордое Погребение), «Лрец» (Молчание…)

Романсы:

«Пах Ахбюри мот» (У холодного источника)

«Сируис» (Моя возлюбленная) и т. д.